ZOOM Lite

Сипаттама

ZOOM Lite - деректерді бейнелеу және визуалдау бағдарламалық жасақтамасы. Пайдаланушылар сілтемелер геномдарын енгізеді және Illumina/Solexa қысқаша файлдарды оқиды немесе AB SOLiD түс кеңістігі * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta және т.с.с. сияқты әр түрлі форматтағы файлдарды оқиды. сілтеме дәйектілігі бойынша оқиды. ZOOM Lite жаңадан жасалған бірнеше аралықты тұқымдар теориясына негізделген картаға түсіруге арналған жылдам және дәл ядроны бар. Әр түрлі ұзындықтағы 15-ден 240 атқа дейінгі оқулықтардың екеуін де, жұпты да оқуларын өңдеуге болады. Сәйкессіздіктердің кез-келген санына және сілтеме дәйектілігі бойынша оқылым мен оның мақсатты аймағы арасындағы әр түрлі ұзындықтағы бір енгізуге/жоюға рұқсат етіледі. Әр оқылым үшін ерекше салыстырылған нәтижелер немесе ең жақсы (жоғарғы N) нәтижелер минималды сәйкессіздіктер мен индель ұзындығына сәйкес баяндалады. Карталардың дәлдігін арттыру үшін сапа ұпайлары қолданылады. Картаға түсіру ядросы негізінде ZOOM Lite қолданушыларға жергілікті оқылған деректерді және анықтамалық реттік деректерді жүктеуге, тиісті параметрлерді таңдауға, жоғары көлемді деректерді төрт CPU-ға дейін қатар өңдеуге, жұмыс істеп тұрған тапсырмаларды бақылауға, картаға түсіру нәтижелерін сақтауға, графиктерді қарауға мүмкіндік береді. * .BED немесе * .GFF форматтарындағы картаға түсіру нәтижелері және UCSC шолғышының трек ақпаратын одан әрі зерттеуге арналған формат. Картаға түсіру нәтижелерін кез-келген қажетті масштабта, бүкіл хромосоманың тереңдігі графигінен бастап, оқулар мен анықтамалық тізбектің арасындағы егжей-тегжейлі реттілікке дейін көруге болады. Пайдаланушылар қызықтыратын аймақтарға шерту, сүйреу немесе айналдыру арқылы оңай ауысады. ZOOM Lite - ZOOM Studio бағдарламалық жасақтамасының туындысы.